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核酸碼采集終端一體機一般放置在采樣操作的桌面上，也可以固定在采樣窗臺上。進行采樣時醫療人員應先根據采樣任務（單人單管、五人一管、十人一管、十五人一管或二十人一管）的要求在核酸碼采集終端一體機上進行相對應的選擇，然后對試管條碼進行掃描；接著受檢人員上前向核酸碼采集終端一體機出示核酸采樣碼或身份證，核酸碼采集終端一體機可在一秒內完成信息的讀取與上傳；最后由醫療人員為受檢人員進行鼻拭子或咽拭子，在完成既定人數采樣后，核酸碼采集終端一體機會自動結束這管試劑的數據錄入并實時上傳平臺系統。此時，醫療采樣人員只需要拿出新的試管掃碼即可開啟新管進行下一輪采樣。